天主教在粉嶺區的傳教工作早於1926年開始。到1949年，主教委派宗座外方傳教會賴法禹神父 (Rev. Ambrose Poletti) 服務西鐸區。賴神父認為粉嶺有必要設立堂區，於是租用鄧坤亮先生之祖居（即今寶血會培靈學校現址）為聖堂，有教友二、三十人，是聖若瑟堂前身。

至五十年代，賴神父獲朱仁傑先生捐贈一幅土地興建聖堂，粉嶺聖若瑟堂於1953年落成，並奉工人模範聖若瑟為主保。

聖若瑟堂於2011年被香港古物古蹟辦事處列為三級歷史建築物。